In epoca normanna appartenne dapprima ai conti di Ariano, quindi alla contea di Buonalbergo ed infine, nel 1138, fu devastata da re Ruggero II di Sicilia detto il Normanno. In epoca successiva passò sotto Bartolomeo Camerario, poi ai Caracciolo, ai D'Aquino e quindi ai Carafa che la tennero fino all'abolizione del feudalesimo avvenuta nel 1806. Il sisma del 1456 e il terremoto del 5 giugno 1688 fecero rovinare più volte il paesino. Una epidemia di colera nel 1854 ne decimò la popolazione. Fino al 1861 faceva parte del Principato Ultra, poi della provincia di Benevento. Nel 1887 in una casetta del centro storico nacque Francesco Forgione, meglio conosciuto come Padre Pio da Pietrelcina. Grazie al flusso turistico nato a seguito della sua beatificazione e consolidatosi dopo la sua canonizzazione, Pietrelcina è diventato un importante centro di turismo religioso. La casa natale di San Pio si trova al numero civico 27 di vico Storto Valle e non è costituita da un'unica unità abitativa ma, invece, da più vani che si affacciano sulla stessa strada. In questa casa nacque Francesco Forgione, nella camera da letto dei genitori, alle ore 17 del 25 maggio 1887 quando la madre era appena tornata dalla campagna dopo aver aiutato il marito Grazio. Nel pavimento della camera da letto è sita una botola che conduceva al magazzino dove riposava l'asino che il padre di Padre Pio usava per andare a lavorare in campagna. Al numero civico 28 sono siti due altri ambienti: la cucina, con il focolare e l'arredo originario, e la camera da letto di alcuni bambini, diventata successivamente sala da pranzo. Secondo la credenza, in questa stanza Padre Pio fece le sue prime esperienze soprannaturali. Nella camera Padre Pio usava dormire spesso per terra, usando una pietra come cuscino. Altra casa, meta di pellegrinaggio, è la casa del fratello di Padre Pio, Michele, dove il santo abitò fra il 1912 e il 1916.